Sleepメソッドを使うと、スクリプトの実行中に一定時間待機させることができます。
引数にはミリ秒を指定します。
以下の例では、1つ目のメッセージボックスの「OK」押下の5秒後に再びメッセージボックスが表示されます。

WScript.Echo "OKボタンを押してください。" & vbCrLf _
             & "5秒後に2つめのメッセージボックスが表示されます。"

WScript.Sleep 5000

WScript.Echo "2つめで～す。"